Po vypuknutí Slovenského národného povstania, o ktorom gen. II. tr. Štefan Jurech nebol nikým z povstaleckého vedenia informovaný, generál zvažoval čo ďalej robiť. Bolo mu jasné, že povstalecké vedenie o jeho služby nemá záujem, no napriek tomu sa rozhodol, že opustí Bratislavu a dá sa k dispozícii veleniu 1. čs. armády na Slovensku v Banskej Bystrici. So svojim vodičom a pobočníkom opustili autom Bratislavu, snažili sa dostať do Banskej Bystrice. Tento zámer im však nevyšiel, nakoľko cesty už strážili ozbrojené jednotky nemeckej armády, ktoré povstalecké územie hermeticky uzavreli. Jurechovi sa nepodarilo dostať do povstania a preto sa deprimovaný vrátil do Bratislavy.
Tu sa začalo posledné dejstvo jeho života, ktoré odštartoval neseriózny prístup bývalého ministra NO gen. I. tr. Ferdinanda ČATLOŠA voči Jurechovi. Vo svojom trezore na MNO mal uložené spisy k prešetrovaniu pokusu o prechod Rýchlej divízie k Červenej armáde, ktoré však pred svojim útekom na povstalecké územie nezlikvidoval, ele ich ponechal v trezore. To sa pre neho stalo osudným. Materiály našlo Gestapo, ktoré Jurecha dňa 2. septembra 1944 v budove MNO zatklo. Gestapo Štefana Jurecha následne previezlo mimo Slovenska do Viedne, kde bol vypočúvaný. Neskôr bol zadržiavaný v Brne v neslávne povestných Kounicových kolejách, kde malo Gestapo svoje väzenie. Dňa 4. januára 1945 bol Štefan Jurech prevezený do berlínskej väznice Alt Moabit, kde bol veľmi podrobne vypočúvaný v súvislosti s prípravou prechodu Rýchlej divízie k Červenej armáde na Kryme na prelome rokov 1942/1943. Mimoriadne mu priťažila aj výpoveď zajatého mjr. gšt. Jána Juraja STANEKA, ktorý časť svojej výpovede venoval práve gen. Jurechovi. Štefan Jurech sa pod ťarchou dôkazov priznal.
Pravdepodobne vo februári roku 1945 bol Štefan Jurech zrejme spoločne s Augustínom MALÁROM prevezený do koncentračného tábora Flossenbűrg a následne bol v neznámy deň popravený. Dátum jeho smrti bol neskôr, po skúmaní všetkých okolností čs. úradmi určený na deň 4. február 1945 a miestom úmrtia bolo určené Nemecko. Na rozdiel od žijúcich odbojárov, u ktorých sa odbojové zásluhy často krát zvyšovali každým rokom od skončenia vojny, až sa z nich stali legendy, na skromného gen. Štefana Jurecha sa pozabudlo. Najprv nezapadol celkom do konceptu SNP, neskôr, po roku 1948 bol označený za buržoázneho dôstojníka, kládlo sa mu za vinu, že s Rýchlou divíziou neprešiel na stranu Červenej armády, napriek tomu, že vývoj na fronte to už neumožňoval. Tak sa gen. Štefan Jurech do dnešného dňa nedočkal žiadneho, ani len symbolického ocenenia v podobe udelenia vyznamenania alebo povýšenia in memoriam.
Najbližšia rodina gen. Štefana Jurecha bola po 2. sv. vojne, ale predovšetkým po roku 1948 postihovaná, musela sa vysťahovať. Vdove po gen. II. tr. Štefanovi Jurechovi bolo až v roku 1969 vydané osvedčenie podľa zákona č. 255/1946 Zb. so započítaným obdobím od 1. novembra 1943 do 5. septembra 1944 ako vdove po účastníkovi domáceho odboja. Doba od 5. septembra 1944 do 4. februára 1945 mu bola započítaná doba ako čs. politického väzňa.
Obaja synovia Štefana Jurecha, Boris a Marcel pokračovali v otcových stopách, stali sa študentmi vojenských škôl a neskôr dôstojníkmi čs. armády. Neskôr však ako potomkovia buržoázneho a zároveň slovenského generála boli z armády vyštvaní, pričom syn Marcel neskôr emigroval do zahraničia.