Minister NO gen. Ferdinand ČATLOŠ po vstupe Slovenska do ťaženia proti ZSSR, ktorého sa zúčastňovala aj slovenská branná moc, si uvedomil, že slovenská armáda trpí mimoriadnym nedostatkom vyšších dôstojníkov, zvlášť dôstojníkov generálneho štábu, keď veľká časť z nich musela byť odvelená na frontu. Preto rozhodol aj o návrate plk. gšt. Štefana Jurecha na Slovensko, keď po skončení diplomatickej misie plk. gšt. Štefan Jurech bol rozhodnutím prezidenta SR zo dňa 13. mája 1942 ustanovený dňom 1. mája 1942 za veliteľa Vzdušných zbraní so sídlom veliteľstva v Trenčíne. Zároveň vykonával aj funkciu veliteľa Slovenského leteckého zväzu (SLeS), polovojenskej brannej leteckej organizácie a zároveň vykonával aj funkciu veliteľa Veliteľstva divíznej oblasti 1 v Trenčíne. Výkon týchto funkcií kládol mimoriadne nároky na plk. gšt. Štefana Jurecha.
Ako veliteľ vzdušných síl mal podriadené nielen letectvo, ale aj protilietadlové delostrelectvo, zodpovedal za leteckú premávku nad Slovenskom, bola mu tiež podriadená Letecká škola a týlové zložky Vzdušných síl. Podieľal sa na zveľaďovaní slovenského letectva, aj keď to vzhľadom na vojnovú situáciu nebolo vôbec ľahké. Aj napriek tomu, že Jurech bol poľným leteckým pozorovateľom zbraní, ak veliteľ sa rozhodol absolvovať pilotný výcvik a s obľubou pilotoval na svoju dobu vynikajúce spojovacie lietadlo zn. Fi–156 Storch. Štefan Jurech bol v roku 1942 rumunským kráľom vyznamenaný komanderským stupňom Radu „Rumunskej hviezdy“.
Tu je potrebné sa bližšie pristaviť pri Štefanovi Jurechovi vo vzťahu k jeho skutočným názorom fašizmus, na pomery na Slovensku. Štefan Jurech bol predovšetkým protinacistického zmýšľania, bol odporcom zavádzania niektorých nemeckej doktríny do slovenskej brannej moci. Bol vychovaný v československom duchu, v duchu demokracie. Bol odporcom zasahovania nemeckej vojenskej, ako aj leteckej misie do činnosti slov. armády. Nesúhlasil ani s ovplyvňovaním personálnej politiky v slovenskej armáde nemeckými predstaviteľmi. Svoje názory prezentoval verejne, minimálne pred svojimi kolegami už v roku 1940. To ho činilo v očiach nemeckej strany podozrivým. Vzťah k prítomnosti nemeckej vojenskej (a leteckej) misie v útvaroch a štáboch slovenskej armády bol v armádnych pomeroch všeobecne známy. Tento negatívny vzťah a akési farizejstvo smerom k nemeckej strane Jurechovi vytýkal minister NO gen. ČATLOŠ, ktorý však sám bol považovaný za najväčšieho farizeja vo vzťahu k Nemcom, čo dokladajú aj jeho neskoršie pamäte.